In der Leistungsqualifizierung (PQ) soll der dokumentierte Nachweis erbracht werden, dass ein Gerät unter realen Bedingungen die angestrebten Leistungsparameter auch tatsächlich erreicht. Die PQ muss auf Grundlage eines entsprechenden Qualifizierungsplanes durchgeführt werden. Wesentlicher Inhalt der PQ sind Leistungsläufe des Gerätes mit allen Materialen, die auch später im Routinebetrieb verarbeitet werden sollen. Dabei ist insbesondere zu beobachten, ob bestimmte Materialien aufgrund ihrer spezifischen Eigenschaften die Leistungsparameter des Gerätes beeinflussen.
Im Ergebnis sollen für alle zu verarbeitenden Materialien, bezogen auf die jeweils zu beachtenden Parameter obere und untere Grenzwerte festgelegt werden.
Sind alle geforderten Leistungsparameter getestet, kann ein Bericht erstellt werden. Aus dem Bericht muss eine eindeutige Aussage getroffen werden, welche Materialien unter welchen Bedingungen auf dem Gerät verarbeitet werden können. Dabei kann es sich um Entnahmesets aber auch Entnahmematerialien handeln, die auf dem jeweiligen Analysegerät eingesetzt werden können.
Wie schon bei der OQ ist es auch bei der PQ erforderlich, Abweichungen und die sich daraus ergebenden Schlussfolgerungen genau zu vermerken.